togoEX: Website for maintaining reference expression dataset
RefEx
遺伝子発現データのリファレンスデータセット 網羅的な遺伝子発現解析の目的のひとつとして、細胞や組織の機能に特徴的な遺伝子発現パターンを定量的・定性的に調べることが挙げられます。このような目的を達成するためにマイクロアレイや発現タグ収集などが主に用いられ、多くのデータが得られています。様々な論文でそれぞれの方法についてはかなりの精度および感度が示されていますが、各遺伝子単位で異なる測定法に由来する発現パターンを比較すると、意外なほど相互の一致はみられません。 NCBIが提供するRefSeq… [more]
Buncher
新世代DNA塩基配列解析パイプライン Buncher（番茶）とは、次世代高速DNAシーケンサーにより出力された大量の塩基配列データを遺伝子発現データとして抽出し、各配列一本ごとではなく特定の実験条件で測定された発現配列のデータセットごとに処理する解析パイプラインのことです。 具体的には、ゲノム配列が利用可能な生物種においてゲノムアノテーション情報に基づいて既知の遺伝子単位に発現頻度情報の対応付けを行い、これらのデータをこれまでの… [more]
GEO目次
NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) に登録されている遺伝子発現データを、測定技術と材料の属性に基づいて整理しました。現在は、ほぼ週一回更新しています。 http://lifesciencedb.jp/geo/… [more]
